Enligt djurrättsorganisationen har de skjutits nära vattenhål i Okavangodeltat i norra delen av landet. Tjuvjägarna antas ha varit ute efter elfenben.
- Vi inledde vår undersökning den 10 juli och har hittat 90 skelett sedan dess. Vi hittar nya varje dag, säger organisationens chef Mike Chase.
Enligt Chase har elefanternas huvuden huggits itu för att tjuvjägarna skulle komma åt deras betar.
- Det här är det största fallet av tjuvskytte av elefanter jag har sett eller läst om i Afrika, säger Chase, som kopplar ihop händelserna med att Botswanas viltvårdsvakter sedan några månader inte längre är beväpnade.
Botswanas regering beskriver i ett Twitterinlägg uppgifterna som överdrivna, och uppger att en del av djuren dött av naturliga orsaker.
Men turismminister Tshekedi Khama bekräftar "en jättelik oro" kring tjuvjakten.
- Jag är medveten om att det är tvåsiffriga antal, för Botswana är det mycket.
Enligt Mike Chase vänder sig tjuvjägarna nu mot Botswana, eftersom bestånden är så hårt åtgångna i grannländerna Zambia och Angola.
Antalet elefanter i Afrika har minskat från 525000 till 415000 de senaste tio åren. Botswana är det land som har störst population, 135000 djur.
Fakta: Elefanter i Botswana
Botswana har den största elefantpopulationen i Afrika, runt 135000 enligt naturvårdare, närmare en tredjedel av den samlade populationen på hela kontinenten. Regeringen hävdar att det rör sig om närmare 230000 djur.
Till skillnad från andra länder har antalet elefanter ökat, vilket lett till växande oro för hur man ska hantera dem. Lantbrukare har fått sina grödor uppätna av elefanter, och i takt med att elefanterna blir färre på resten av kontinenten har allt fler tjuvjägare tagit sig till Botswana.
2014 infördes ett förbud mot jakt på vilt, men regeringen meddelade i juli att man kommer att se över lagen, framför allt vad gäller jakt på elefanter.
Källa: Elephants without borders, TT