Företaget har under de senaste fem åren missbrukat sin position på marknaden, meddelar CNMC i ett pressmeddelande.
Bookings agerande genom en "rad orättvisa affärsvillkor" har drabbat hotell i Spanien negativt och begränsat konkurrensen från andra onlinebaserade resebyråer.
Bokningsjätten, som har sitt säte i Nederländerna, dominerar onlinemarknaden för hotellbokningar och är ett dotterbolag till amerikanska Booking holdings group. I Spanien uppskattas marknadsandelen till mellan 70 och 90 procent.
De hotell som vill synas på booking.com måste acceptera Bookings villkor.
Villkoren innebär bland annat att hotellen förbjuds att erbjuda rum på sina egna hemsidor till ett lägre pris än hos Booking, samtidigt som Booking ensidigt kan sänka priserna.
En annan brist som leder till en skev konkurrenssituation, enligt CNMC, är att hotellens exponering påverkas av deras totala antal bokningar samt lönsamhet hos Booking. Det gör att hotellen uppmuntras till att välja bort andra bokningssystem, anser CNMC.
Att Booking lyder under nederländsk lag är en annan aspekt som försvårar vid eventuella tvister i Spanien.
Booking har två månader på sig att överklaga myndighetens beslut.