Staten har sedan tidigare öronmärkt 43,5 miljarder kronor för projektet, som ska ge en dubbelspårig järnväg mellan de båda städerna.
Men Härryda kommun, där Landvetter flygplats ligger, har länge satt sig emot den föreslagna sträckningen.
Nu har landshövding Sten Tolgfors, som fick i uppdrag av regeringen att medla i konflikten, hittat en kompromiss. Efter ett möte på onsdagen är parterna till slut överens om de stora dragen.
– Det är inte ett avtal, men ett inriktningsbeslut att den här järnvägen ska byggas, säger Johan Trouvé, vd för Västsvenska Handelskammaren.
– Det ligger ett förslag som alla parter kan köpa. I augusti kommer man att gå vidare med de sista detaljerna och sedan ha ett avtal klart att lämna till regeringen senast sista augusti.
Station i Mölnlycke
Den nya järnvägen till och från Göteborg får stationer i Mölndal, under Landvetters flygplats och i Borås.
En del av lösningen blir samtidigt en sidobana, där en station i Härrydas huvudort Mölnlycke knyts ihop med huvudbanan både i västlig och östlig riktning.
Det kommer att innebära ökade kostnader på mellan fyra och sex miljarder kronor, som parterna måste finansiera själva.
Det är en av frågorna som måste lösas innan ett avtal blir helt klart, enligt Sten Tolgfors.
"Viktigaste på länge"
Johan Trouvé kallar inriktningsbeslutet för en historisk överenskommelse och hyllar Sten Tolgfors som jobbat fram lösningen.
– Det är nog ett av de viktigaste mötena som skett i länsresidenset sedan huset byggdes på 1600-talet, säger Johan Trouvé.
– Det kommer att öppna upp hela regionen, så för näringslivet är det här det viktigaste beslutet på väldigt länge.