Enligt Ramaphosa är besöket en del i ett försök att mäkla fred mellan Ryssland och Ukraina, men Rysslandsbesöket ses som kontroversiellt i flera västländer.
– Kriget måste få ett slut. Det måste lösas genom förhandlingar och med diplomatiska medel, säger Ramaphosa.
Flera afrikanska länder har drabbats hårt av kraftigt höjda spannmålspriser till följd av det ryska invasionskriget.
– Kriget har en negativ inverkan på afrikanska kontinenten och på flera andra länder runt om i världen, säger Sydafrikas president.
Vladimir Putin välkomnar det han kallar för "en balanserad inställning" från afrikanska länder i synen på Ukrainakriget. Putin säger också att Ryssland är öppet för konstruktiv dialog.
– I Ryssland har vi stort förtroende för afrikanska länder som stödjer global stabilitet... och stödjer deras strävan efter en pacifistisk politik, säger Putin.
I fredags var en delegation av afrikanska ledare, däribland Ramaphosa, i Ukrainas huvudstad Kiev för att försöka påbörja ett initiativ till fredssamtal. Efter mötet med Volodymyr Zelenskyj sade Ukrainas president att han utesluter fredsförhandlingar.