"Vi anser att det är vår plikt att söka hämnd", säger Khamenei enligt den iranska statliga nyhetsbyrån Irna.
Även Revolutionsgardet i Iran utlovar hämnd. I ett uttalande säger de att dådet kommer besvaras "hårt och smärtsamt".
Den terrorstämplade islamiströrelsen beskyller Israel för dödsfallet och säger att det inte kommer att förbli obesvarat. Israel å sin sida kommenterar inte händelsen.
Irans nye president Masoud Pezeshkian, som precis installerats i sin roll, skriver på plattformen X att hans land kommer att försvara sin territoriella integritet och att de som ligger bakom attacken "kommer ångra sitt fega dåd".
USA:s utrikesminister Antony Blinken befinner sig på resa i Asien och säger till den singaporianska tv-kanalen CNA att USA "inte hade kännedom om eller var inblandat" i attacken mot Haniya.
– Jag tänker inte spekulera i vilken inverkan händelsen kan ha, säger Blinken och tillägger att man fortsätter arbetet med att förhindra en eskalering av konflikten.
"Farlig eskalering"
Qatar, där Hamas politiska ledarskap är baserat och som medlat om vapenvila i Gazakriget, kallar attacken för en "vidrig handling" och "farlig eskalering" av våldet i regionen.
"Hur kan vi lyckas medla när en part mördar förhandlaren på den andra sidan?", skriver Qatars premiärminister på plattformen X.
Hamas nära allierade i Libanon, Hizbollah, varnar för att Haniyas död kommer öka beslutsamheten hos Iranstödda "motståndsgrupper".
Flera fördömanden
Turkiet, som så sent som i söndags hotade med att anfalla Israel, fördömer det "skamliga mordet" på Hamasledaren, skriver landets utrikesdepartement i ett uttalande. Departementet skriver också att Israel försöker få Gazakriget att spridas regionalt.
Även Ryssland fördömer attacken, som kallas ett "oacceptabelt politiskt mord". Spänningarna kommer nu att stiga ytterligare, enligt Moskva.
Lin Jian, talesperson för det kinesiska utrikesdepartementet, säger att Peking-regimen är "mycket oroad över det som skett".
Den Iranstödda Huthi-rörelsen, som styr stora delar av Jemen, kallar attacken för ett "terrorbrott".
