"Det finns domstolsbeslut om att stänga Al Jazeera i 45 dagar", sade en israelisk soldat till den lokale byråchefen Walid al-Omari under militärens aktion, som kanalen direktsände.
Kanalens medarbetare uppmanades att ta sin utrustning och omedelbart lämna kontoret.
Tidigare i år förbjöds Al Jazeera i Israel. Israel anklagar kanalen för att sprida osant innehåll.
Israel har inte kommenterat aktionen. Kanalen bevakar kriget mellan Israel och Hamas nonstop sedan Hamas terrorattack på Israel för snart ett år sedan, och återger ofta uttalanden från Hamas och andra grupper som Israel ser som terrorister.
Israel hävdar att kanalen äventyrar säkerheten för Israel och landets soldater. Kanalen, vars största finansiär är Qatar, har avvisat anklagelserna.
Kanalen fortsätter att sända från Amman i Jordanien efter stängningen i Ramallah.