Anklagelsen är en av flera som riktats mot FN-organet den senaste tiden. För ett par veckor sedan beskyllde Israel anställda vid Unrwa för att ha varit delaktiga i Hamas terrorattacker den 7 oktober.
Nio personer avskedades – trots att framläggande av bevis saknades.
– Jag kunde ha stängt av dem, men jag har sparkat dem, sade Unrwas chef Philippe Lazzarini vid en pressträff, enligt The Guardian.
– Nu pågår utredning, och om utredningen visar att detta var fel kommer vi i FN i så fall att fatta ett beslut om hur vi ska kompensera dem på lämpligt sätt, säger han vidare.
Det "exceptionella och snabba beslutet" fattades på grund av risken för att de israeliska anklagelserna skulle påverka organisationens förmåga att verka i Gaza, enligt Lazzarini.
På grund av anklagelserna har flera länder, däribland USA och Sverige, meddelat att de pausar sitt stöd till FN-organet.
Under torsdagen bjöd Israels armé in journalister för att titta på tunnlarna. Det går inte att helt fastställa att Hamas använt dem, men enligt AP:s reportrar på plats fanns åtminstone en del av tunneln under byggnadskomplexets innergård.
Militären hävdar att högkvarteret försåg tunnlarna med elektricitet. Unrwa har inte någon kännedom om vad som finns under högkvarteret, skriver Philippe Lazzarini på X.
Han påpekar dock att slutsatserna förtjänar en "oberoende undersökning" – något som är omöjligt under det pågående kriget, enligt Lazzarini.
Högkvarteret, i västra utkanten av Gaza stad, är nu helt ödelagt.
Fakta: FN-organet Unrwa
FN-organet Unrwa, United Nations Relief and Works Agency for Palestine Refugees, grundades efter kriget som bröt ut i samband med Israels bildande 1948, i syfte att hjälpa de över 750 000 palestinier som tvingats på flykt.
I dag hjälper Unrwa runt 5,9 miljoner palestinska flyktingar. Nära 90 procent av donationerna kommer från FN:s medlemsländer. Störst stöd har bland annat USA, Tyskland, EU, Sverige och Norge gett.
Över hälften av Unrwas budget går till skolutbildning. Runt 15 procent går till hälsofrämjande åtgärder, enligt siffror från 2020.
FN-organet har omkring 30 000 anställda, varav 13 000 i Gaza. En majoritet är lokalanställda palestinier.
Källa: Unrwa, The New York Times med flera