Den av Israel namngivne mannen, Qaid Farhan al-Qadi, arbetade som vakt på en fabrik på en kibbutz när terrorstämplade Hamas genomförde attacker mot Israel den 7 oktober.
al-Qadi (transkriberat Elkadi i israeliska medier) kommer från ett beduinsamhälle, där en majoritet av de boende är muslimer.
IDF säger att fritagningen gjordes vid "en komplex insats i södra Gaza".
Senare på tisdagen framkom fler detaljer om händelsen. al-Qadi ska ha gömt sig i tunneln när israeliska soldater närmade sig i rekognosering efter Hamasmedlemmar och eventuella gisslantagna. De som höll al-Qadi fången ska ha flytt när de hörde soldaterna genomsöka tunneln.
Exakta lägesbeskrivningar har inte offentliggjorts, då sådana uppgifter faller under israeliska censurregler.
Den fritagne uppgavs vara vid god vigör och undersöktes på tisdagen på sjukhus.
"Ett mirakel"
al-Qadi har två fruar och är pappa till elva barn. Israeliska mediebolaget Keshet 12 visade hur hans familj tog sig till sjukhuset sedan de fått veta att han var vid livet.
Organisationen som verkar för att de gisslantagna ska befrias sade att al-Qadis möjlighet att återvända hem "är ingenting annat än ett mirakel; han har uthärdat 326 dagar i fångenskap".
Men organisationen Hostages families forum konstaterade samtidigt i ett uttalande att det enda sätter att få en majoritet av de gisslantagna fria är genom en uppgörelse.
Organisationen får visst medhåll från IDF:s talesperson Daniel Hagari, som sade att man samlar in mer underrättelseinformation för nya insatser – men att det inte räcker:
"Vi kan inte få hem alla enbart genom räddningsinsatser."
I förra veckan kunde israelisk militär återbörda kvarlevorna av sex gisslantagna i södra Gaza.
Israel bedömer att 104 av de 251 gisslan som fördes bort av Hamas den 7 oktober fortfarande finns i Gaza, bland dem 34 som bekräftats döda av IDF.
Åtta fritagna
Hittills har IDF lyckats frita åtta gisslantagna i militära insatser; varav två där många palestinier dödades. Omkring 1 150 personer beräknas ha dödats i terrorattacken, merparten civila.
Sedan Israel förklarade krig mot Hamas efter attacken har fler än 40 000 människor i Gaza dödats i israeliska anfall, enligt hälsomyndigheter i den Hamaskontrollerade landremsan.
