Netanyahu kommenterade den stora förstörelsen och dödstalet efter den israeliska attacken i ett tal i knesset.
– Vi har evakuerat miljoner icke-involverade invånare i Rafah, men trots våra bästa försök så inträffade detta tragiska misstag igår (söndag), sade Netanyahu enligt israeliska mediebolaget Haaretz.
Netanyahu bekräftar att Israel utreder vad som hänt.
Den senaste dödssiffran, på måndagseftermiddagen, var 45 personer.
Tidigare uppgifter från Avi Hyman, talesperson för Israels försvarsmakt, så ska det höga dödstalet ha krävts av en brand som bröt ut till följd av flygräden.
Avi Hyman sade till BBC att en brand bröt ut i tältlägret, till följd av ett luftangrepp mot Hamasledare.
Enligt den palestinska sektionen av hjälporganisationen Röda Halvmånen riktades attacken mot ett tältläger för flyktingar, utpekat som ett humanitärt område.
Attacken fördöms kraftigt internationellt. EU:s utrikeschef Josep Borrell fördömer händelsen i "de starkaste ordalag". Även Afrikanska unionen fördömer räden och säger att den är ett direkt brott mot domen i Internationella domstolen ICJ för ett par dagar sedan.
Från qatariskt håll kallas den "en allvarlig kränkning av internationell rätt, som kommer att förvärra den humanitära krisen", rapporterar Haaretz i Israel.
Rapporter om den israeliska attacken kom timmar efter det att Hamas avfyrat raketer mot Tel Aviv, och samtidigt som Israels krigskabinett samlades för att diskutera utvecklingen i Gaza.
