Kapseln sköts upp från Kazakstan i gryningen på fredagen och beräknas anlända på söndag.
De två ryssarna Sergej Prokopjev och Dmitrij Petelin samt amerikanen Frank Rubio har befunnit sig på ISS sedan i september och hade en planerad återresa i mars. Men i december började farkosten som skulle ta dem tillbaka till jorden att läcka kylvätska efter att ha skadats av en mikrometeorit.
Nu är alltså en ny, tom Sojuz-kapsel med plats för tre personer är nu på väg från ryska rymdstyrelsen Roskosmos efter att man kommit fram till att det var för riskfyllt att åka tillbaka med den skadade kapseln. Utan fungerande kylfunktion skulle kapseln kunna överhettas och utsätta såväl utrustning som de tre männen för livsfara.
Den skadade kapseln skickas tillbaka till jorden utan passagerare i slutet av mars så att tekniker kan undersöka den.
De tre männen skulle ursprungligen ha stannat på ISS i sex månader. Nu kommer de att bli kvar i ett helt år tills en ny kapsel är klar för deras ersättare, som egentligen skulle ha åkt upp med det exemplar som sköts upp på fredagen.