Spanska myndigheter genomförde kontrollen med anledning av VM-skandalen då det spanska fotbollsförbundets ordförande Luis Rubiales kysste stjärnan Jenni Hermoso under prisutdelningen efter Spaniens VM-seger i somras.
Rubiales tvingades avgå och står åtalad för sexuellt övergrepp.
Spanska myndigheter fann vid en inspektion på förbundet att det saknades riktlinjer för att hantera sexuella trakasserier, vilket precis som en jämställdhetsplan är lagstadgat.
"Vi skickade våra världsmästare till VM utan en jämställdhetsplan och utan riktlinjer för hur sexuella trakasserier ska hanteras, det är mycket allvarligt. Med de här böterna sänder vi starka signaler att det här måste förändras. Det finns ingen plats för sexism i sport", säger arbetsmarknadsministern Yolanda Diaz till spansk radio.
Hur mycket det spanska förbundet får böta är okänt.
Även Barcelona, där landslagsstjärnan Fridolina Rolfö spelar, får böta.
Klubben hävdar att den haft en jämställdhetsplan sedan 2013 men att den uppdaterades när inspektionen skedde.
Klubben hade dock dokument för sexuella trakasserier på plats när inspektionen skedde.
Barcelona vann Champions League på damsidan förra säsongen.