Den 24-åriga simmaren noterades för 25,84 – en tiondel över personliga rekordet – och var 28 hundradelar snabbare än grekiskan Anna Ntountounaki som vann sitt semifinalheat.
Junevik jagar sin första individuella mästerskapsmedalj i långbana, i fjol tog hon brons på distansen i kortbane-EM.
Men hennes stora fokus är egentligen inte guldjakten på 50 meter fjäril. Den distansen finns nämligen inte på OS-programmet utan hon satsar på att kvala in på 100 meter fjäril senare i veckan.
– 50 meter här är egentligen bara en bonus. Mitt fokus är helt och hållet på hundringen, säger hon till SVT.
En annan som siktar på att OS-kvala i EM är 19-åriga löftet Olivia Klint Ipsa på 100 meter bröstsim.
Kristianstadssimmaren är finalklar på distansen efter att ha varit tvåa i semifinalen på 1.06,92 – 13 hundradelar över OS-kvalgränsen.
Båda finalerna avgörs på onsdagskvällen.
I finalen i mixedmedleylagkappen var Sverige sexa i mål – men slutade fyra efter två diskningar.
Både ettan Polen och trean Grekland diskades för överväxlingar och Israel tog guldet.
Blågula kvartetten Samuel Törnqvist, Erik Persson, Sara Junevik och Hanna Bergman hade 3.49,93 och var dryga sekunden efter Ungern på bronsplats.